El río Metlapanapa que atraviesa los municipios de Juan C. Bonilla, Domingo Arenas y Huejotzingo, presenta una notable contaminación debido a las descargas industriales y de aguas negras.
Desde hace años, el Frente de Pueblos en Defensa de la Tierra y el Agua de Puebla ha sido el principal grupo que busca salvar este afluente, el cual señala que las descargas de las industrias en Huejotzingo, no solo afectan el río, sino también perjudicará a las poblaciones cercanas.
Por su parte, los vecinos de Zacatepec, en Juan C. Bonilla, se percataron que las descargas industriales no son el único problema, pues las aguas residuales que expulsa el municipio de Domingo Arenas llegan a una barranca y algún punto alcanzan el cauce de río, de acuerdo con La Jornada.
Actualmente el río Metlapanapa luce de color negro, con basura en la ribera y en algunos tramos ya está seco.