Después de 18 años y 601 partidos arbitrados, Fernando Guerrero se retiró del arbitraje profesional en el futbol mexicano. Su despedida fue marcada por un emotivo homenaje realizado por la Liga MX, donde se destacó su destacada carrera. El último partido del árbitro, apodado "el cantante", se jugó entre Toluca y Rayados de Monterrey en la jornada 2 del torneo Clausura 2025.
Guerrero recibió un jersey conmemorativo por sus 601 juegos arbitrados de parte de la directiva del Toluca. Además, la Comisión de Árbitros le otorgó un reconocimiento especial por su amplia trayectoria que incluyó etapas en diferentes divisiones, como la Segunda División, Tercera División, Ascenso MX, y finalmente, la Liga MX. El partido terminó con un empate a un gol, poniendo fin a su carrera de forma simbólica.
Durante su carrera, Fernando Guerrero se desempeñó como árbitro central, VAR y cuarto árbitro. Obtuvo el gafete FIFA que le permitió representar a México en competencias internacionales, como la Copa Árabe FIFA 2021, el Mundial de Clubes 2023, y la Copa Mundial de FIFA 2022, donde participó como apoyo en la final Argentina vs. Francia.
A lo largo de su carrera, Guerrero también participó en competiciones de alto nivel, como la Concacaf Champions Cup, Leagues Cup, Indian Super League, Copa Libertadores, Copa Oro, Nations League, Clasificatorios Olímpicos, y la Copa América Centenario. Su retiro marca el final de una de las trayectorias más destacadas del arbitraje en México.