Desde que se puso en marcha el nuevo sistema penal acusatorio en 2013, algunos presuntos delincuentes han sido liberados por los jueces tras señalar que la Fiscalía General del Estado cometió anomalías al momento de la integración de las carpetas de investigación.
Los agentes de investigación fueron capacitados en diferentes ocasiones por la propia dependencia; sin embargo, siete años después, los jueces continúan haciendo señalamientos por sus errores.
De los primeros casos en los que cometieron errores fue en septiembre de 2016 cuando un juez liberó a ocho policías municipales de Amozoc, los cuales presuntamente estaban relacionados con la ordeña de ductos.
Sin embargo, el juez determinó que la FGE no logró acreditar su responsabilidad en los delitos de privación ilegal de la libertad, lesiones dolosas y robo agravado, por lo que los puso en libertad y no hubo otra detención posterior en su contra.
Otro error que cometieron fue en 2017 cuando el juez liberó a uno de los integrantes de la Banda de los Cuijes, a quien se le atribuía un multihomicidio en Huehuetlán el Grande.
El juez señaló que la Fiscalía quería que procesaran a un menor de edad como mayor de 18 años y aunque le reprogramaron otra audiencia, el juez de justicia para adolescentes encontró deficiencias en el proceso y le otorgó su libertad, bajo reservas de ley.
Los jueces en diversas ocasiones han hecho públicas las equivocaciones de las autoridades estatales en audiencias y les han pedido que fundamenten sus acusaciones.
Diferentes presuntos delincuentes han obtenido su libertad luego de que los jueces no han calificado como legal su detención; sin embargo, elementos de la Fiscalía logran una orden de aprehensión y los detienen nuevamente al salir de las casas de justicia.
Tal fue el caso de los presuntos homicidas de los estudiantes de medicina de la BUAP y de la UPAEP, que fueron asesinados cuando regresaban del carnaval de Huejotzingo, en febrero 2020. El juez aseguró que su detención fue ilegal y los liberó; pero los ministeriales ya los esperaban afuera de casa de justicia con una orden de detención.